拖欠工程款超过诉讼时效的拖欠，可以选择协商处理，工程过诉然后达成新的款超还款协议，也可以选择向对方发出催收到期款项通知单。效办法院对于超过诉讼时效的拖欠拖欠工程款案件，一般不会直接判决败诉。工程过诉
一、款超拖欠工程款超过诉讼时效怎么办理
超过诉讼时效期间，效办尽量考虑通过友好协商，拖欠促进当事人双方就原借条、工程过诉欠条达成的款超还款协议。如果当事人双方就原债务达成还款协议，效办该还款协议属于新的拖欠债权、债务关系，工程过诉该还款协议应受法律保护。款超如果超过诉讼时效，当事人双方无法协商的，债权人一方可以考虑向对方发出催收到期款项通知单。如果债务人在通知单上签字或者盖章的，应当视为对原债务的重新确认，该债权债务关系应受法律保护。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、拖欠工程款超过诉讼时效法院如何判决
已经超过诉讼时效的民事案件，法院不会直接判决原告败诉，只有在被告提出诉讼时效抗辩的时候，法院才会判决原告败诉。如果被告没有提出诉讼时效抗辩，原告有足够的证据证明，法院不能主动适用诉讼时效，应该判决支持原告胜诉请求。
三、拖欠工程款超过诉讼时效债权可以转让吗
律师在线提醒您，过了诉讼时效后，债权可以依法转让的，经受让人同意，债权人可以转让债权，并且通知债务人。
《中华人民共和国民法典》
第五百四十五条
债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但是有下列情形之一的除外：
(一)根据债权性质不得转让；
(二)按照当事人约定不得转让；
(三)依照法律规定不得转让。
当事人约定非金钱债权不得转让的，不得对抗善意第三人。当事人约定金钱债权不得转让的，不得对抗第三人。
第五百四十六条
债权人转让债权，未通知债务人的，该转让对债务人不发生效力。
债权转让的通知不得撤销，但是经受让人同意的除外。
